Pelaksanaan Pemungutan Suara Ulang (PSU) di Provinsi Papua menjadi penyedot anggaran terbesar menurut Ketua KPU, Mochammad Afifuddin. Hal ini juga terjadi pada PSU pemilihan Bupati di kabupaten Boven Digoel, Provinsi Papua Selatan. Menurut Afifuddin, Papua menjadi fokus karena merupakan provinsi dengan banyak kabupaten, sehingga kebutuhan anggaran terbesar terpusat di sana. Awalnya, anggaran PSU ditanggung oleh APBD namun ternyata tidak mencukupi. Maka dari itu, terdapat opsi untuk mendapatkan 70 persen biaya PSU dari APBN, namun hal ini masih dalam proses kajian.
Afifuddin juga menyatakan bahwa daerah yang tidak melaksanakan PSU dapat menggunakan sisa anggaran untuk membiayai Pilkada ulang. Namun, pemanfaatan sisa anggaran tersebut masih dalam tahap penelitian dan pemilihan akan dibiayai APBN belum final. Sebanyak 14 daerah di Indonesia diwajibkan melakukan PSU berdasarkan putusan MK, dan batas waktu pelaksanaannya bervariasi. Contohnya adalah Kota Banjarbaru dan Kabupaten Pasaman yang akan melaksanakan PSU pada tanggal 25 April 2025.
